Разрешается играть по сети в смертельных сражениях, уничтожать инопланетян в ПВП, в обычном режиме для восьми игроков, а также командных боях, в PvP-противостояние «4 на 4». В N.O.V.A. 3: Freedom Edition можно создать стиль своего воина с помощью 3D моделей и скинов, просматривать повторы наилучших моментов битвы, совершенствовать костюмные Ядра.
Как и в N.O.V.A. – Наследие, здесь можно зарабатывать бонусы, и собственноручно подбирать игроков. Игра включает в себя три режима (Спецоперации, Задания Тени и Кампания) и 19 разнообразных уровней.